中心对于仪器设备有一整套健全的管理制度，对大型仪器均建立了“持证上岗”制度和“预约”制度。使用人在使用前须经仪器专管人员培训，然后考核，考核内容涉及该仪器的操作及理论，被培训者通过考核后，中心颁发使用该仪器的“仪器使用上岗证”方可预约使用仪器设备。预约人员需持“仪器使用上岗证”提前向该仪器负责人员预约，并严格做好使用纪录，责任到个人。

中心极其重视仪器维护与管理，制定了严密的管理制度，经常培训和提高仪器管理人员业务素质，减少人为损坏仪器；通过建立完整的仪器设备技术档案、仪器生产厂商档案，以便快速要求维修；建立实验技术人员岗位责任制，及时维护修理，小故障修理不过夜；中等价格以下仪器有替换备份，以便快速解决教学中出现的问题。

为更好地维护仪器设备，提高仪器利用率，学校出台了《青岛大学提高大型仪器设备使用率实施办法（试行）》，建立了大型仪器维修基金。根据中心的具体情况，学校主管部门和化工学院每年补贴50-100万维护资金。同时，通过鼓励大型仪器开放共享并合理收费，筹集维护资金，做到以机养机。在多渠道维护资金的支持下，中心仪器设备的完好率达到98%，其中大型仪器的完好率100%，有力地保障了实验教学的顺利开展。